Сразу ответ: структура и обязательное содержание коллективного договора закреплены в статье 41 Трудового кодекса Российской Федерации.
Ниже ― развёрнутая справка, в которой разобраны все пункты этой нормы, а также даны практические примеры и комментарии к ситуации реорганизации образовательной организации, упомянутой в шапке запроса.

Что говорит сама статья 41 ТК РФ?

Текст статьи 41 не перечисляет «жёсткий» перечень разделов, зато устанавливает минимально обязательные и допустимые темы, которые могут включаться в коллективный договор. Их можно условно разделить на три группы:

1. Обязательные темы – если стороны договорились о них, они должны быть отражены.
   • форма систем оплаты труда;
   • размеры тарифных ставок и должностных окладов;
   • системы стимулирующих выплат и надбавок;
   • индексация заработной платы с учётом роста цен;
   • гарантии и компенсации работникам;
   • порядок обеспечения санаторно-курортным лечением, оплата проезда и т.д.
2. Допустимые темы – то, что стороны могут, но не обязаны включать:
   • дополнительные выходные дни, в т.ч. для многодетных родителей;
   • доплаты «за вредность» сверх законодательных норм;
   • корпоративное обучение, ДМС, питание;
   • меры по охране труда и оздоровлению;
   • гарантии при реорганизации и сокращении численности.
3. Ограничения: коллективный договор не может содержать нормы, ухудшающие положение работников по сравнению с законодательством (ч. 5 ст. 41).

Какие разделы обычно присутствуют в коллективном договоре вуза или его филиала?

На практике коллективные договоры крупных научно-образовательных организаций выглядят так:

• Раздел 1. Общие положения (действие договора, периодичность индексации).
• Раздел 2. Оплата труда и стимулирование (окладные сетки, надбавки за учёные степени, гранты, публикации).
• Раздел 3. Рабочее время и отдых (режим преподавателя, учёного, технического персонала).
• Раздел 4. Охрана труда и здоровья (медосмотры, обеспечение СИЗ в лабораториях).
• Раздел 5. Социальные гарантии и компенсации (оплата проезда к месту учёбы аспирантам, льготы молодым учёным).
• Раздел 6. Гарантии при реорганизации, сокращении, ликвидации.
• Раздел 7. Контроль за выполнением, ответственность сторон, порядок внесения изменений.

Что происходит с коллективным договором при реорганизации вуза?

В описанной в запросе ситуации головной вуз реорганизован в форме присоединения к другому учреждению. С точки зрения трудового законодательства:

1. Согласно статье 75 ТК РФ, трудовые договоры работников продолжают действовать. Все права и обязательства работодателя переходят к правопреемнику.
2. Согласно статье 44 ТК РФ, коллективный договор действует до момента принятия нового либо до окончания срока его действия (но не более 3 лет с даты реорганизации).
3. Если в филиале был свой коллективный договор, а после реорганизации филиал стал структурным подразделением нового вуза, то:
   • договор филиала остаётся в силе как приложение к основному коллективному договору нового вуза;
   • в течение года стороны обязаны провести переговоры и либо интегрировать нормы, либо заключить новый договор на уровне организации в целом.

Краткий алгоритм проверки «на месте»

Если вам нужно быстро проверить, не нарушен ли состав коллективного договора:

1. Откройте статью 41 ТК РФ и сопоставьте с текстом вашего договора.
2. Проверьте, есть ли разделы по всем обязательным темам, если стороны о них договаривались.
3. Убедитесь, что ни одна норма не ухудшает положение работников (контролируйте по ст. 11 ТК РФ и специальным законам).
4. При реорганизации ― проверьте акт приёма-передачи: там должно быть указание о продолжении действия коллективного договора.

Именно статья 41 Трудового кодекса РФ служит основным ориентиром при составлении и анализе коллективного договора. Она гарантирует, что соглашение содержит всё необходимое для защиты трудовых прав, но при этом не ограничивает стороны в расширении социальных гарантий. При любом изменении организационно-правовой формы вуза (реорганизации, присоединении, преобразовании) действие коллективного договора сохраняется, а нормы ст. 41 продолжают регулировать его содержание до момента заключения нового соглашения.